Reformy

738 Bonifác navštívil Řím potřetí a papež ho ustanovil za svého legáta pro širokou misijní oblast. K jeho úkolům pak patřilo i reformovat francké duchovenstvo a vybudovat církevní organizace v Bavorsku, Hesensku a Durynsku (Sasku). Bylo to třeba kvůli místním feudálům, kteří chtěli dosazovat své lidi do církevních hodností. Karel Mertel mu byl nakloněn jen částečně a pro církevní organizaci podléhající Římu neměl porozumění. Až po roce 741, kdy převzali vládu jeho synové, se dařilo měnit situaci a 742 začít svolávat církevní synody, které připravily církevní obnovu Francké říše (poskytly záruky autoritě posvátných kánonů a posílily nezbytné společenství s papežem, což Bonifácovi především leželo na srdci). Tyto synody stanovily základní pravidla církevní disciplíny a křesťanského života: stav a povinnosti biskupa, étos a chování duchovenstva, kontrola církevního majetku, opuštění pohanských praktik nebo otázky práva křesťanského manželství. Rozhodlo se o ustanovení církevní metropole v Kolíně nad Rýnem a Bonifác se stal prvním metropolitou. Díky spojení na jedné straně s Římem a na druhé straně s Karolingy byl jedním z těch, kteří pomáhali uvolnit papežství od byzantských vazeb a podílel se na rozvoji střední Evropy. (Jeho práci značně ovlivňoval politický vývoj ve východofrancké říši i odpor církevních "starých kádrů".)